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简概而言，昌都的大半部历史其实就是土司与大呼图克图（大活佛）相交织而成的历史。
昌都地区在历史上曾被称做三十九族之地，格萨尔时期也频繁地提及当时有18个大宗（相当于县一级的行*划分），由此可见康区历史上大小土司之多。这其中最大的是德格和林葱土司。
德格土司是吐蕃名臣噶尔．禄东赞之后，据说至今（年）已传至第53代，第30代时，受元朝帝师八思巴封赐为“四德十格之大夫”、“德格”即由此得名，并演化为其统领地之地名。德格土司势力最盛时曾先后统领今四川之德格、石渠、白玉以及西藏江达、邓柯（已撤）、青海玉树等地，并自封为国，称德格王。十七世纪初，德格土司被蒙古王固始汗封赐为“德格僧王”，正式成为*教首领。
林葱土司历史悠久，相传早在公元六世纪时便已产生，至民主改革时已传至第89代。传说中的藏族英雄人物格萨尔据说是林葱家庭第45代或第46代祖先。他建立了强大的岭国，开创了林葱土司最辉煌的时期，一度成为多康地区*治、*事力量最强大的土王。林葱土司属地主要在德格、石渠、白玉等地，控制着昌都地区和青海省玉树、*河源一带。当时的德格土司曾长期附属于他。林葱家庭是在元代正式受诏朝廷成为土司的。明末清初，随着德格土司势力的增强，林葱土司势力逐渐削弱。
德格、林葱土司均大力扶持宗教，并且不分教派，所辖区域内宁玛、萨迦、噶举、格鲁及苯波五教并存、大小寺院余座，僧尼三万有余。康区名寺更庆寺、八蚌寺、白玉寺、竹庆寺、协庆寺等均是在土司的大力扶持下建立的，萨钦哲仁波切、蒋贡康楚仁波切、秋吉林巴仁波切等名僧也活跃此间。除宗教外，土司还十分重视文化的扶持与传播，著名的德格印经院便是在第12代德格土司时修建的。昌都地区的印经、医学、历算、手工艺及民间歌舞艺术等，在当时的藏区非常发达，影响范围极广。
呼图克图是一种尊号，即被中央王朝*权承认并注册的大活佛。
帕巴拉呼图克图帕巴拉是昌都地区最具权势和名望的大活佛，他的主寺强巴林寺是年（明正统二年）由*教僧人喜绕桑布建立的。帕巴拉活佛在清顺治帝时曾受封博善禅师、诺门汗等名号，年（清康熙五十八年）又正式受封呼图克图尊号、受驻藏大臣和达赖喇嘛领导，直接管辖察木多（即昌都县一带）地方。帕巴拉制下的强巴林寺有属寺50多座，遍及昌都、波密及边坝等地，极盛时有喇嘛余名。强巴林寺还有所谓二活佛、三活佛、四活佛等，领有世袭土地，实际都是帕巴拉的陪臣。
功德林呼图克图功德林济咙呼图克图是清朝皇帝册封的，八世达赖喇嘛时期由清朝委任为西藏噶厦*府摄*。年（清嘉庆三年），八世达赖亲*后，将八宿宗赠封功德林济咙呼图克图，实行自治管理。
罗登协绕呼图克图民主改革前，察雅地方活佛世系已转到第九世，名罗登协绕。这一活佛世系起于明朝，由噶举派僧人扎巴江措开始，建有香堆寺等。年（清康熙五十八年），其第四世罗桑朗杰被清朝封为呼图克图，统领察雅，有属寺32座，均分布于察雅，僧众多时有余名。
庞球呼图克图白教著名圣者米拉日巴的徒弟桑吉温于年建类乌齐寺，世袭寺主13代后改为转世活佛，于第三世时受明朝嘉靖皇帝呼图克图封号，统领类乌齐。
以上寺庙都设有专门的行*管理机构，称“拉让”，官员有总管、大管家、宗本（相当于县长）、甲本（相当于乡长）等。土司和宗教势力互为唇齿，如德格土司家族就有惯例，长子为僧，次子为俗，独子则兼之。他们和各呼图克图之间有着千丝万缕的联系。
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